De afdeling Algemene Gezondheidszorg (AGZ) combineert diverse taakgebieden van de GGD: het voorkómen en bestrijden van infectieziekten en tuberculose, reizigers en vaccinaties, seksuele gezondheidszorg, technische hygiënezorg, forensische geneeskunde en medische milieukunde. Ook het toezicht op kinderopvang en Wmo-voorzieningen zijn taken van de afdeling AGZ.